В начале 1275 года в Пруссию вторглись немецкие крестоносцы, рыцари Тевтонского ордена. По призыву Папы Римского в Кенигсберг на помощь крестоносцам стекалось рыцарское воинство изо всех стран католической Европы. Далее на восток путь шел вдоль берега реки Преголь. На этой военной тропе крестоносцы соорудили замки, свои опорные пункты. В тот же год на левом берегу реки была построена деревянная крепость и названа "Инстер". В 1336 году был сооружен замок из камня.

Замок был одним из сборных пунктов для организации походов на литовские земли. В период с 1376 по 1457 годы замок неоднократно сжигался и восстанавливался. В 1500 году производилась перестройка замка. Как фортификационное сооружение замок «Инстербург» имел значение и использовался до 17-18 веков. В середине 19 века он был перестроен под казарму и его военное значение, как оборонного, так и наступательного сооружения было утрачено. Перед второй мировой войной в замке был открыт музей.
Поселок у подножия замка насчитывал в начале 16 века около 350 жителей (около 60 дворов). В 1541 году поселок Инстер получает статус города и становится городом Инстер, а с 1583 года - городом Инстербургом от названия реки Инструч, в устье которой он находится, и немецкого «бург» - крепость, замок. Тогда же получил Инстербург и свой герб - на белом щите изображен медведь, над которым начертаны инициалы маркграфа Георга Фридриха - G.F., сверху располагалась фигура охотника с рожком. С этого времени город Инстербург, удобно расположенный на торговых путях, начинает расти и развиваться благодаря торговле зерном и проведению ярмарок. Правда, и с окончанием эпохи Средневековья Инстербург не раз становился жертвой войн и прочих напастей, тем более что он, в отличие от большинства других старых городов, не имел оборонительных стен, валов и рвов. В 1655 году во время войны России с Польшей московиты напали на Пруссию и заняли Инстербург. Через 4 года Пруссию разорили крымские татары, в 1679 году город был разорён шведами. В 1709-1710 годах эпидемия чумы унесла три четверти населения Инстербурга. А в следующем 1711 году огромные стаи саранчи опустошили поля, и из-за бескормицы вымер почти весь скот.

В 1712 году Инстербург начал заселяться швейцарцами и немцами с Верхнего Рейна, Пфальца и Зальцбурга.
В 1756 году началась Семилетняя война, во время которой Пруссия была врагом России. В августе 1757 года западнее Инстербурга, возле несуществующей ныне деревни Гросс-Егерсдорф, русская армия под командованием фельдмаршала Апраксина разбила армию прусскую.
Инстербург (как Кенигсберг и Берлин) русские заняли без боя, и до 1762 года Восточная Пруссия была русской провинцией. Этот период вошел в историю под названием «Первое русское время».
В 1812 году через город по пути в Россию прошла армия Наполеона Бонапарта. Сам император заночевал в Инстербурге. После крушения Наполеона для Инстербурга на 100 лет наступают спокойные времена.
В 1883 году город отпраздновал свой 300-летний юбилей. В нем насчитывалась тогда 21 тыс. жителей.
В конце 19 - начале 20 веков Восточная Пруссия переживают период промышленного подъема. Инстербург бурно развивается. В 1910 году он насчитывает уже 30 тыс. жителей.
Однако вскоре его развитие было прервано - грянула Первая мировая война. Одна из ее операций - вторжение двух русских армий в Восточную Пруссию. В городе располагался штаб армии. 5 сентября на центральной площади Инстербурга состоялся парад конной гвардии, на котором штабс-ротмистр барон Врангель (впоследствии главком Белой армии в Крыму) был удостоен Георгиевского креста IV степени за боевые заслуги.
Во время Второй мировой войны город не подвергся сильным разрушениям: были разрушены отдельные культовые и жилые строения в центральной части города. Пострадал от разрушений и замок Инстербург. В послевоенное время город был частично восстановлен.
С определенной долей условности история муниципального образования может быть представлена следующими периодами:
прусский период (до середины XIII века) – формирование и развитие прусской культуры;
тевтонский период (середина XIII века – 1525 г.) – формирование, расцвет и угасание орденского государства;
прусско-польский период (1525 – 1721 г.г.) – в 1525 году владения ордена (Орденская Пруссия) превращены в светское государство – Прусское герцогство, находящееся в зависимости от Польши; 1721 г. – отказ Польши от Прусского герцогства в пользу Бранденбурга в результате Северной войны (1700 – 1721 г.г.);
I Германский период (1721 – 1758 г.г.);
I Российский период (1758 – 1762 г.г.) – в ходе Семилетней войны России с Пруссией 13 января 1758 г. первый генерал-губернатор Восточной Пруссии В.В. Фермор отдал распоряжение о приведении к присяге на верность России жителей и чиновников Восточной Пруссии; 27 июля 1762 г. последний (пятый) генерал-губернатор Ф.М. Воейков опубликовал прокламацию, освобождающую население от присяги на верность России;
II Германский период (1762 – 1945 г.г.);
II Российский (Советский) период (1945 – 1991 г.г.) – по решению Потсдамской конференции СССР, США и Великобритании 2/3 земель бывшей Восточной Пруссии были переданы Польше, а 1/3 (Кенигсбергский и Гумбинненский округа) вошла в состав СССР, на территории которой 7 апреля 1946 г. была образована область в составе РСФСР, и которой в июле этого же года было присвоено имя М.И. Калинина;
III Российский период (с 1991 года по настоящее время) – в результате распада СССР Калининградская область стала одним из 89 субъектов Российской Федерации.
Каждый из приведенных исторических периодов оставил свой след в виде памятников истории, археологии, архитектуры и градостроительства, традиций, исторических событий и т.д., представляющих значительный интерес, как для российских, так и для зарубежных туристов. Черняховск хоть и пострадал в годы Второй мировой войны, но все же сохранил свой неповторимый облик